高新技術企業(yè)專項審計，是指依據(jù)高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，對近三年的研發(fā)費用支出情況及高新技術產(chǎn)品（服務）收入情況進行審計，出具審計專項報告。報告主要用于企業(yè)申辦高新技術企業(yè)或高新技術企業(yè)復審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關部門。

高新技術企業(yè)認定專項審計需要注冊會計師對申報企業(yè)的研究開發(fā)費用結構明細表和高新技術產(chǎn)品(服務)收入明細表發(fā)表審計意見，而申報企業(yè)的研究開發(fā)費用和高新技術產(chǎn)品(服務)收入的發(fā)生頻率往往較高，單純實施實質(zhì)'陛測試難以為專項審計意見提供充分適當?shù)膶徲嬜C據(jù)，因而，注冊會計師對申報企業(yè)內(nèi)部控制的了解和測試就成為降低審計風險的重要方法。

高新技術企業(yè)專項審計工作從業(yè)務承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：
1、會計師事務所和高新技術企業(yè)專項審計單位進行初步溝通了解，確定高新技術企業(yè)專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業(yè)務約定書；
2、會計師事務所安排項目組，下發(fā)委托方高新技術企業(yè)專項審計準備的資料清單；
3、被審高新技術企業(yè)專項審計單位按照資料清單準備相關審計資料，并確定現(xiàn)場審計時間。
4、現(xiàn)場審計階段；
5、審計情況匯總和形成審計報告初稿；
6、與被審高新技術企業(yè)專項審計單位交換意見；
7、出具正式審計報告。