高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是指依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會等相關(guān)部門。

高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)需要注冊會計(jì)師對申報(bào)企業(yè)的研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表發(fā)表審計(jì)意見，而申報(bào)企業(yè)的研究開發(fā)費(fèi)用和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入的發(fā)生頻率往往較高，單純實(shí)施實(shí)質(zhì)'陛測試難以為專項(xiàng)審計(jì)意見提供充分適當(dāng)?shù)膶徲?jì)證據(jù)，因而，注冊會計(jì)師對申報(bào)企業(yè)內(nèi)部控制的了解和測試就成為降低審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)的重要方法。

高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)工作從業(yè)務(wù)承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：
1、會計(jì)師事務(wù)所和高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位進(jìn)行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)目的、審計(jì)范圍、審計(jì)收費(fèi)等；并簽訂業(yè)務(wù)約定書；
2、會計(jì)師事務(wù)所安排項(xiàng)目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)準(zhǔn)備的資料清單；
3、被審高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位按照資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審計(jì)資料，并確定現(xiàn)場審計(jì)時(shí)間。
4、現(xiàn)場審計(jì)階段；
5、審計(jì)情況匯總和形成審計(jì)報(bào)告初稿；
6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)單位交換意見；
7、出具正式審計(jì)報(bào)告。