申報高新企業(yè)要做兩個專項審計報告，一個是收入專項，一個支出專項。

一、什么是高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計?
高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計，并出具專項審計報告。
注：如果申報企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)報表(含資產(chǎn)負(fù)債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限)未經(jīng)會計師事務(wù)所審計，應(yīng)同時委托進(jìn)行財務(wù)報表審計。

二、高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計一定要做嗎?
《 高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理辦法》對高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申報材料作出了要求，其中第6點提到：

申報高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定光兩個專項審計報告肯定是不夠的，還要提供連續(xù)三年的財務(wù)審計報告。如果沒有財務(wù)審計報告，那么就得找會計師事務(wù)所幫助做一下了。那么，做財務(wù)審計報告時，同樣也要提供近三年的財務(wù)報表資料。

三、哪些情況下需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計?
1、凡擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的企業(yè)，均需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計;
2、由于高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內(nèi)企業(yè)應(yīng)提出復(fù)審申請，不提出復(fù)審申請或復(fù)審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動失效。
所以凡擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審的企業(yè)，均需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計。
因此，不管是初次申報還是復(fù)審，都需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項審計。

四、總結(jié)
1、經(jīng)具有資質(zhì)的中介機(jī)構(gòu)出具的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用和近一個會計年度高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發(fā)活動說明材料
2、經(jīng)具有資質(zhì)的中介機(jī)構(gòu)鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務(wù)情況說明書，
3、近三個會計年度企業(yè)所得稅年度納稅申報表