申報高新技術(shù)企業(yè)的難點是什么？有多少人知道。8個認(rèn)定條件雖然都得滿足，但是其中研發(fā)費用可能是最核心的一項了。從研發(fā)費用的數(shù)據(jù)和歸集路徑可以反映出企業(yè)的技術(shù)和管理水平。而且研發(fā)費用還關(guān)系到了企業(yè)切身利益，因為企業(yè)有了研發(fā)費用可以申報多個政府補貼項目。比如高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定、高新技術(shù)企業(yè)培育、研發(fā)資助、加計扣除等，研發(fā)費用多少直接影響到了補貼金額的多少。下面我們就高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定中研發(fā)費用的重點和難點進(jìn)行分析。
一、研發(fā)費用占銷售收入比例
       企業(yè)研究開發(fā)費用占比是企業(yè)近三個會計年度（實際經(jīng)營期不滿三年的按實際經(jīng)營時間計算）的研究開發(fā)費用總額占同期銷售收入總額的比值?！豆芾磙k法》要求：最近一年銷售收入小于5,000萬元（含）的企業(yè)，比例不低于5%；最近一年銷售收入在5,000萬元至2億元（含）的企業(yè)，比例不低于4%；最近一年銷售收入在2億元以上的企業(yè)，比例不低于3%。其中，企業(yè)在中國境內(nèi)發(fā)生的研究開發(fā)費用總額占全部研究開發(fā)費用總額的比例不低于60%；
       銷售收入為主營業(yè)務(wù)收入與其他業(yè)務(wù)收入之和。主營業(yè)務(wù)收入與其他業(yè)務(wù)收入按照企業(yè)所得稅納稅申報表的口徑計算。
二、企業(yè)研究開發(fā)活動（研發(fā)項目）的確定
       研發(fā)活動的確定方法與此前類似，包括行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)判斷法、專家判斷法和目標(biāo)或結(jié)果判定法。其中，目標(biāo)或結(jié)果判定方法是前兩種方式的輔助方法。企業(yè)應(yīng)按照研究開發(fā)活動的定義填寫高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請書中“企業(yè)研究開發(fā)活動情況表”。
三、研發(fā)費用的歸集方法
       企業(yè)應(yīng)正確歸集研發(fā)費用，由具有資質(zhì)并符合《工作指引》相關(guān)條件的中介機構(gòu)進(jìn)行專項審計或鑒證。
       企業(yè)的研究開發(fā)費用是以單個研發(fā)活動為基本單位分別進(jìn)行測度并加總計數(shù)的。以單個研發(fā)活動為基本單位則省去了運用費用分?jǐn)倷C制的麻煩。企業(yè)應(yīng)對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費用進(jìn)行歸集，并填寫《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請書》中的“企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表”。
       企業(yè)應(yīng)按照“企業(yè)年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細(xì)表”設(shè)置高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專用研究開發(fā)費用輔助核算賬目，提供相關(guān)憑證及明細(xì)表，并按要求進(jìn)行核算。
四、研發(fā)費用的歸集范圍

       包括人員人工費用；直接投入費用；折舊費用及長期待攤費用；無形資產(chǎn)攤銷費用；設(shè)計費用；裝備調(diào)試費用與試驗費用；委托外部研究開發(fā)費用和其他費用，并且其他費用由不得超過研究開發(fā)總費用的10％調(diào)整為20%，包括技術(shù)圖書資料費、資料翻譯費、專家咨詢費、高新科技研發(fā)保險費，研發(fā)成果的檢索、論證、評審、鑒定、驗收費用，知識產(chǎn)權(quán)的申請費、注冊費、代理費，會議費、差旅費、通訊費等其他費用所占比例有所提高。