國家高新技術(shù)企業(yè)抽查未通過，不僅會被取消高企資格，無法繼續(xù)享受高企各項優(yōu)惠政策，還將由稅務(wù)機關(guān)追繳已享受的高企稅收優(yōu)惠，并按《稅收征管法》規(guī)定征收滯納金。
如果企業(yè)存在《稅收征管法》第六十三條規(guī)定的偷稅行為的，稅務(wù)機關(guān)將按相關(guān)規(guī)定進行處罰。市稅務(wù)局將積極向上級稅務(wù)部門建議將高新技術(shù)企業(yè)申請認定過程中存在嚴重弄虛作假行為的企業(yè)納入偷稅范疇。
一、重點抽查的高新技術(shù)企業(yè)
1.高企火炬統(tǒng)計年報中，研發(fā)投入占比低于高企認定要求的企業(yè)；
2.高企火炬統(tǒng)計年報中，年主營收入下降高于10%的企業(yè)；
3.過去三年納稅總額低于各級應(yīng)給予的高新技術(shù)企業(yè)補貼額度的企業(yè)；
4.過去三年發(fā)生過重大環(huán)保、質(zhì)量安全等事故和列入非正常經(jīng)營名錄內(nèi)的企業(yè)；
5.高企評分71-75分的企業(yè)；
6.累計兩年未按規(guī)定時限報送年度發(fā)展情況報表的企業(yè)。
二、高新技術(shù)企業(yè)抽查內(nèi)容
1.詳述主要產(chǎn)品與知識產(chǎn)權(quán)的關(guān)聯(lián)性
2.研發(fā)活動與高新領(lǐng)域的關(guān)聯(lián)性
3.詳述高新技術(shù)產(chǎn)品的核心技術(shù)
4.高新產(chǎn)品收入與銷售發(fā)票的關(guān)聯(lián)性
5.提供企業(yè)科技人員相關(guān)信息
6.研發(fā)費用、高新收入占比的合理性
7.將相應(yīng)軟件著作權(quán)的軟件產(chǎn)品運行界面進行截圖展示
8.詳述高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入的歸集依據(jù)
 三、高新技術(shù)企業(yè)抽查如何應(yīng)對
收到抽查通知的企業(yè)也不必慌張，準備好原先申請材料，立足于現(xiàn)有材料，在抽查過程中不拖延應(yīng)對；只要立足高企指引，言之有據(jù)，和原先申報材料邏輯通順即可。
01、財務(wù)部門需要注意：
a.準備好申報當年上傳的財務(wù)資料，如審計報告、研發(fā)費用輔助賬、納稅證明以及高新產(chǎn)品收入的銷售發(fā)票及合同；現(xiàn)有的審計報告、研發(fā)費用輔助賬等等也準備好，方便應(yīng)對抽查；
b.納入規(guī)模以上企業(yè)國家統(tǒng)計數(shù)據(jù)庫的企業(yè)，應(yīng)及時核查報送的研發(fā)數(shù)據(jù)是否與火炬系統(tǒng)、高企年報數(shù)據(jù)一致；如不一致應(yīng)及時更正報表報送，并出具相應(yīng)證明。
02、研發(fā)部門需要注意：
a.準備好知識產(chǎn)權(quán)相關(guān)資料，如申請材料、操作視頻、證書文件等；通過受讓、受贈和并購方式獲得的知識產(chǎn)權(quán)還應(yīng)準備國家知識產(chǎn)權(quán)局相關(guān)部門出具的備案信息等證明材料；
b.要對每個科技成果轉(zhuǎn)化項目的來源、主要內(nèi)容和轉(zhuǎn)化對應(yīng)形式（產(chǎn)品和樣機）給予列表說明；
03、行政人事部門需要注意：
a.準備好研發(fā)人員名單、工資表、社保繳費明細及員工相關(guān)資料（如學(xué)歷證明、勞務(wù)合同等）；
b.準備好研發(fā)人員的個稅申報情況，將研發(fā)人員在職離職情況做好登記，對于離職的科技人員要能夠給予說明。
 四、高新技術(shù)企業(yè)抽查問題回答建議
1、說明知識產(chǎn)權(quán)為何申請時間集中
建議：結(jié)合公司的實際研發(fā)技術(shù)，具備條件申請知識產(chǎn)權(quán)的占少數(shù)且完成時間不一；公司為減輕工作量，一般是累積到一定數(shù)量再一同申請知識產(chǎn)權(quán)。集中申請知識產(chǎn)權(quán)方便公司全面保護，公司能夠?qū)χR產(chǎn)權(quán)進行統(tǒng)一布局、統(tǒng)一規(guī)劃。
2、闡述研發(fā)活動與高新領(lǐng)域的關(guān)聯(lián)性
建議：企業(yè)開展研發(fā)活動，會根據(jù)公司實際銷售產(chǎn)品，參考同行業(yè)較為優(yōu)秀的企業(yè)、知名高校、相關(guān)學(xué)術(shù)論文及展會、論壇等等獲取相關(guān)信息，還將參考其他生產(chǎn)相同產(chǎn)品企業(yè)的高新領(lǐng)域選擇，組織公司相關(guān)人員開展會議討論，結(jié)合公司情況確定研發(fā)方向和符合的高新領(lǐng)域。
3、闡述高新產(chǎn)品與高新領(lǐng)域的關(guān)聯(lián)性
建議：公司生產(chǎn)銷售產(chǎn)品種類多，涉及的技術(shù)領(lǐng)域覆蓋范圍較廣，也有跨行業(yè)的核心技術(shù)。在申報前，公司參考了其他同行業(yè)申請相同知識產(chǎn)權(quán)、銷售相同產(chǎn)品的企業(yè)所選領(lǐng)域，再結(jié)合公司實際研發(fā)情況選擇高新領(lǐng)域，開展研發(fā)活動，生產(chǎn)高新產(chǎn)品。
4、解析高新產(chǎn)品收入與銷售發(fā)票的關(guān)聯(lián)性
建議：公司的銷售發(fā)票是根據(jù)稅務(wù)局要求，并結(jié)合公司實際經(jīng)營范圍和客戶需求開具的；開票明細是根據(jù)稅局給定的產(chǎn)品目錄進行選擇。
5、說明研發(fā)費用的合理性
建議：公司財務(wù)人員嚴格按照高企要求建立研發(fā)支出會計科目，詳細記錄各項研發(fā)活動發(fā)生的全部費用，并按要求歸集，編制研發(fā)費用輔助賬。
6、詳述高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入的歸集依據(jù)
建議：公司高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入是嚴格按照《高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作指引》歸集的。企業(yè)通過研發(fā)和相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動，再進行科技成果轉(zhuǎn)化后生產(chǎn)產(chǎn)品銷售或提供技術(shù)性服務(wù)取得的收入即為高新技術(shù)產(chǎn)品收入。
 五、高新技術(shù)企業(yè)如何避免被抽查
注意研發(fā)費用總額占銷售收入的比例，不可低于5%；
企業(yè)的高新產(chǎn)品收入占銷售收入60%及以上，且收入保持穩(wěn)定；
企業(yè)發(fā)生更名或與認定條件有關(guān)的重大變化（如分立、合并、重組以及經(jīng)營業(yè)務(wù)發(fā)生變化等）應(yīng)在三個月內(nèi)向認定機構(gòu)報告；
避免發(fā)生重大環(huán)保、質(zhì)量安全等事故和被列入非正常經(jīng)營名錄；
按時申報火炬年報、統(tǒng)計局年報、科創(chuàng)委月報及高企年度發(fā)展情況表。