一、國家政策依據(jù)不同
1、國家高新技術企業(yè)認定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術企業(yè)的發(fā)展，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》，國家知識產權戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃、中國加入國際組織（WTO）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規(guī)劃、引導企業(yè)的生產、科研、日常制度等規(guī)范化，符合國家相關戰(zhàn)略思路。
2、軟件企業(yè)認定管理辦法是關于貫徹國務院鼓勵軟件產業(yè)和集成電路產業(yè)發(fā)展若干政策實施意見，進一步推動本市軟件產業(yè)和集成電路產業(yè)的發(fā)展，結合本市實際情況，制定的相關政策。
軟件產業(yè)是知識經(jīng)濟時代的主導產業(yè)，對推動經(jīng)濟發(fā)展具有極其重要的戰(zhàn)略意義。運用市場機制，優(yōu)化資源配置，鼓勵自主創(chuàng)新，通過在政策、資金上予以特別支持，推動軟件產業(yè)的跨越式發(fā)展，保持軟件產業(yè)在全國的領先地位，并盡快達到或接近國際先進水平。

二、政府審批部門不同
1、高新技術企業(yè)認定由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門聯(lián)合評審。
2、雙軟評估由軟件協(xié)會負責評審。

三、有效期限和年審規(guī)定不同
1、高新技術企業(yè)有限期為三年，三年復審，第六年重新認定。擬認定的高新技術企業(yè)每年按照相關規(guī)定報統(tǒng)計和科委備案，同時在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案。
2、軟件企業(yè)實行每年年檢，根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業(yè)所得稅減免。

四、所享受的企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同
1、高新技術企業(yè)認定后，在地方稅務局備案后，企業(yè)所得稅由原先的25%減少為15%。企業(yè)需要每年在稅務局做高新技術企業(yè)備案，通過后，才能享受到優(yōu)惠政策。

2、軟件企業(yè)認定，在稅務局備案后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。享受完五年優(yōu)惠后，不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策（包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策），企業(yè)所得稅按照25%征收。