高新企業(yè)檢查主要分為認(rèn)定前檢查，認(rèn)定后檢查。
認(rèn)定前檢查
1.如何證明收入是高新收入？
高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入是指企業(yè)通過研發(fā)和相關(guān)技術(shù)創(chuàng)新活動(dòng)，取得的產(chǎn)品（服務(wù)）收入與技術(shù)性收入的總和。對企業(yè)取得上述收入發(fā)揮核心支持作用的技術(shù)應(yīng)屬于《技術(shù)領(lǐng)域》規(guī)定的范圍。
考察重點(diǎn)
賣產(chǎn)品的企業(yè)：如果企業(yè)賣的是產(chǎn)品，且產(chǎn)品是委托他人加工，但企業(yè)又是以購買的形式從受托方取得，而后再加價(jià)銷售。
這種模式很容易被認(rèn)定為“商貿(mào)行為”，無法證明所銷售的產(chǎn)品為“自產(chǎn)產(chǎn)品”。
賣服務(wù)的企業(yè)：如果企業(yè)提供的是服務(wù)，則會要求說明服務(wù)的核心技術(shù)是什么，核心技術(shù)是否在《技術(shù)領(lǐng)域》內(nèi)。
如果企業(yè)是在現(xiàn)有成熟技術(shù)的基礎(chǔ)上，額外附加個(gè)人創(chuàng)意為客戶提供服務(wù)，就很難提供屬于自己且又符合《技術(shù)領(lǐng)域》內(nèi)的核心技術(shù)。
2.如何證明高新收入和知識產(chǎn)權(quán)的關(guān)系？
高企認(rèn)定中對知識產(chǎn)權(quán)的要求：企業(yè)通過自主研發(fā)、受讓、受贈、并購等方式，獲得對其主要產(chǎn)品（服務(wù)）在技術(shù)上發(fā)揮核心支持作用的知識產(chǎn)權(quán)的所有權(quán)。
應(yīng)對方式：對于企業(yè)的主要產(chǎn)品（服務(wù)）形成的收入，需要企業(yè)描述取得的知識產(chǎn)權(quán)和產(chǎn)品（服務(wù)）的關(guān)系。
如果知識產(chǎn)權(quán)是軟件著作權(quán)，還可能會要求企業(yè)在現(xiàn)場實(shí)際運(yùn)行該軟件。
如果企業(yè)只是通過中介幫忙“做”了一些軟件著作權(quán)，想通過認(rèn)定無異于“癡人說夢”。
3.如何證明發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用？
研發(fā)費(fèi)用不達(dá)標(biāo)，申請高新必然會被否決。
考察重點(diǎn)
盡管企業(yè)提交的資料已經(jīng)包含了中介機(jī)構(gòu)出具的研發(fā)費(fèi)用專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告，但在現(xiàn)場檢查時(shí)，也會看企業(yè)的研發(fā)費(fèi)用明細(xì)賬。
如果企業(yè)在會計(jì)科目中根本沒有設(shè)置“研發(fā)支出”、“管理費(fèi)用、研發(fā)費(fèi)用”等科目，就無法證明報(bào)送的研發(fā)費(fèi)用真的就是研發(fā)費(fèi)用。
4.如何證明企業(yè)的人員情況？
需要提前準(zhǔn)備好科技人員的證明，例如：花名冊、崗位說明、個(gè)稅或社保證明、學(xué)歷證明（非原件的請?zhí)峁皩W(xué)信網(wǎng)”的驗(yàn)證截圖）；
財(cái)務(wù)人員需攜帶U盾提前登陸稅局系統(tǒng)，用于現(xiàn)場查詢企業(yè)2017年1、3、9、12月的個(gè)稅繳納情況，特殊情況須提供情況說明。
此外，還需要注意針對“工資費(fèi)用”主要稽查內(nèi)容
根據(jù)企業(yè)情況，稽查人員針對企業(yè)賬簿中的工資費(fèi)用項(xiàng)目，從四個(gè)方面入手實(shí)施核查：
1.審核工資支出憑證。
檢查企業(yè)的人員花名冊、考勤表、工資明細(xì)賬和計(jì)算表，審核工資發(fā)放憑證與銀行代發(fā)工資卡等憑證資料的數(shù)據(jù)是否對應(yīng)無差異。
2.核查企業(yè)職工人數(shù)、薪酬標(biāo)準(zhǔn)是否存在異常。
稽查人員分析企業(yè)記賬憑證和原始憑證，結(jié)合企業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營情況和生產(chǎn)規(guī)模，核實(shí)從業(yè)職工人數(shù)和薪酬標(biāo)準(zhǔn)，重點(diǎn)核實(shí)月工資額低于3500元的人數(shù)占比情況。
3.檢查“賬實(shí)”差異
審查分析企業(yè)“應(yīng)付職工薪酬”賬戶與實(shí)付工資總額是否對應(yīng)，核對各種津貼、補(bǔ)貼、獎(jiǎng)金的發(fā)放是否正確。檢查“應(yīng)付福利費(fèi)”賬戶支出情況，核實(shí)企業(yè)通過該賬戶發(fā)放現(xiàn)金和實(shí)物的具體情況。
4.結(jié)合第三方信息分析企業(yè)數(shù)據(jù)
利用金稅三期系統(tǒng)和社保系統(tǒng)，核查工資表中人員與企業(yè)繳納社保人員在數(shù)量上是否存在較大差異，并對企業(yè)申報(bào)個(gè)人所得稅人員的比例和收入情況實(shí)施核查。

認(rèn)定后“稅務(wù)稽查”要點(diǎn)
按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于實(shí)施高新技術(shù)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策有關(guān)問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2017年第24號）的要求：企業(yè)取得高新資質(zhì)后，在資質(zhì)有效期內(nèi)，如果想享受15%的優(yōu)惠稅率，每年必須滿足一下規(guī)定的條件。這些條件也正是稅務(wù)日常稽查所關(guān)注的要點(diǎn)。
條件
1.高新收入
企業(yè)在享受優(yōu)惠年度，需提供主要產(chǎn)品（服務(wù)）發(fā)揮核心支持作用的技術(shù)屬于《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》規(guī)定范圍的說明，當(dāng)年高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）占收入總額的比例不得低于60%。
2019嚴(yán)查高新技術(shù)企業(yè)！這六個(gè)方面要做好準(zhǔn)備！
2.年度職工和科技人員情況
政策要求，享受優(yōu)惠當(dāng)年科技人員占職工總數(shù)不得低于10%。而且科技人員當(dāng)年在企業(yè)工作時(shí)間須在183天以上。
3.研發(fā)費(fèi)用
政策要求，享受優(yōu)惠當(dāng)年和前兩個(gè)會計(jì)年度研發(fā)費(fèi)用總額占同期銷售收入比例需達(dá)到規(guī)定的比例要求。且還需提供研發(fā)費(fèi)用管理資料以及研發(fā)費(fèi)用輔助賬。
注意
留存?zhèn)洳橘Y料
指標(biāo)符合要求，也并不意味著企業(yè)就一定可以“高枕無憂”地享受優(yōu)惠。
按照《企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策事項(xiàng)辦理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2018年第23號）的規(guī)定，企業(yè)享受優(yōu)惠事項(xiàng)的，應(yīng)當(dāng)在完成年度匯算清繳后，將留存?zhèn)洳橘Y料歸集齊全并整理完成，以備稅務(wù)機(jī)關(guān)核查。
留存?zhèn)洳橘Y料不符或沒有

企業(yè)未能按照稅務(wù)機(jī)關(guān)要求提供留存?zhèn)洳橘Y料，或者提供的留存?zhèn)洳橘Y料與實(shí)際生產(chǎn)經(jīng)營情況、財(cái)務(wù)核算情況、相關(guān)技術(shù)領(lǐng)域、產(chǎn)業(yè)、目錄、資格證書等不符，無法證實(shí)符合優(yōu)惠事項(xiàng)規(guī)定條件的，或者存在弄虛作假情況的，稅務(wù)機(jī)關(guān)將依法追繳其已享受的企業(yè)所得稅優(yōu)惠，并按照稅收征管法等相關(guān)規(guī)定處理。