1.企業(yè)根據(jù)《認定辦法》第十一條進行自我評價，自評符合認定條件的，可提出認定申請。
2.申請企業(yè)可登錄國家“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)” 進行注冊登記，并提交申請材料。
3.2019年起，省認定機構不再公布參與福建省高新技術企業(yè)認定專項審計工作的中介機構名單，企業(yè)自行選擇具有資質并符合《工作指引》相關條件的中介機構進行高新技術企業(yè)認定專項審計或鑒證。企業(yè)提交申請材料時須附上中介機構出具的《中介機構承諾書》。三年內不能參與我省高新技術企業(yè)認定專項審計鑒證工作資格的中介機構名單可以在省認定機構各門戶網(wǎng)站和高企工作網(wǎng)上查看相關取消資格的文件。
4.企業(yè)按《工作指引》第二點第三條要求準備申報材料。
申報企業(yè)要對申請材料的真實性負責，若存在弄虛作假行為，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)并查實，將按照《認定辦法》的相關規(guī)定取消資格，并追繳其自發(fā)生上述行為之日所屬年度起已享受的高新技術企業(yè)稅收優(yōu)惠。
5.企業(yè)必須在申報認定截止前，完成申請材料填寫和打印，并將網(wǎng)絡打印的紙質申報材料一式二份、紙質申報材料掃描的光盤一式三份上報所在地設區(qū)市科技局，完成紙質材料報送后在規(guī)定時間內提交網(wǎng)絡數(shù)據(jù)。
企業(yè)應利用不超過15M的網(wǎng)絡附件，重點上傳營業(yè)執(zhí)照等相關注冊登記證件的復印件、財務審計報告、專項審計或鑒證報告、企業(yè)所得稅年度納稅申報表（主表）、知識產(chǎn)權證書、成果轉化能力證明材料、企業(yè)創(chuàng)新性證明材料、企業(yè)職工和科技人員情況說明材料等主要證明文件。

6. 設區(qū)市科技局對企業(yè)申報材料的完整性進行核對后匯總，于5月31日、8月10日前將認定申報匯總清單加蓋市科技局公章后上報省科技廳，同時抄送一份至所在地同級財政、稅務部門。設區(qū)市科技局另需填寫《企業(yè)研發(fā)項目經(jīng)費和高新技術產(chǎn)品（服務）收入表》紙質材料1份及電子版上報省科技廳。