高企認定主管部門：科技、財政、稅務(wù)部門，其他相關(guān)部門：環(huán)保、質(zhì)量/安監(jiān)、審計等部門。

科技部門檢查要點：1. 技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域2. 專利權(quán)屬及專利時效確認3. 主要產(chǎn)品（服務(wù)）收入占高新收入比例是否超過50％4. 申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比5. 申報材料各項指標核對

財政部門檢查要點：1. 每年定期對承擔高企審計的事務(wù)所進行底稿等風(fēng)險檢查，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查2. 會計師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會自律檢查。

稅務(wù)部門檢查要點：1. 申報材料與稅務(wù)申報數(shù)據(jù)是否有沖突2. 高企認定稅收優(yōu)惠備案檢查3. 研發(fā)費用加計扣除備案檢查4. 其他相關(guān)稅務(wù)檢查

環(huán)保部門檢查要點：1. 是否存在環(huán)評風(fēng)險2. 是否存在嚴重環(huán)境違法行為質(zhì)量/安監(jiān)部門檢查要點：是否存在重大質(zhì)量、重大安全事故
審計部門檢查要點：1. 針對行政公職人員瀆職、受賄等違法行為的延伸檢查2. 國有企業(yè)自身的定期審計檢查

每個部門所審查的要點不同，如：科技部門會對企業(yè)技術(shù)領(lǐng)域是否屬于管理辦法或工作指引中的領(lǐng)域、專利權(quán)屬及專利時效確認、主要產(chǎn)品（服務(wù)）收入占高新收入比例是否超過50％、申報前后各期數(shù)據(jù)對比及與高新年報數(shù)據(jù)對比、申報材料各項指標核對；
財政部門每年定期對承擔高企審計的事務(wù)所進行底稿等風(fēng)險檢查，并抽選部分企業(yè)進行延伸檢查、會計師事務(wù)所行業(yè)協(xié)會自律檢查。
不同申請領(lǐng)域的高新技術(shù)企業(yè)會安排相關(guān)專家進行評分，并且每個領(lǐng)域的通過率不同。