1、不太清楚如何歸集研發(fā)費用。

建議：企業(yè)財務(wù)人員可參照《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作指引》進(jìn)行研發(fā)費用的歸集。
2、沒有設(shè)立研發(fā)費用輔助賬。

建議：企業(yè)財務(wù)人員應(yīng)當(dāng)根據(jù)研發(fā)活動及時設(shè)立研發(fā)費用輔助賬，針對每個研發(fā)項目發(fā)生的研發(fā)費用進(jìn)行合理歸集和記錄。
3、研發(fā)費用輔助賬采用總計數(shù)記錄各個項目發(fā)生的費用。

建議：采用總數(shù)記錄研發(fā)項目發(fā)生費用在輔助賬上不能夠說明研發(fā)項目發(fā)生的具體是什么費用，需要記錄發(fā)生的各項項目研發(fā)費用的明細(xì)（例如科研人員工資、科研人員社保費、科研人員福利費等）。
4、沒有及時填報統(tǒng)計局月報、年報、火炬系統(tǒng)報表和高新認(rèn)定網(wǎng)報表或者填報的數(shù)據(jù)和最終重新認(rèn)定的不一致。

建議：企業(yè)應(yīng)當(dāng)注重認(rèn)定后需要及時填報的各個系統(tǒng)報表，未能及時填報或延遲申報可能會被取消高新技術(shù)企業(yè)資格；在申報各個系統(tǒng)報表時，數(shù)據(jù)盡量保持一致，以免被專家認(rèn)定為沒有準(zhǔn)確記錄研發(fā)數(shù)據(jù)、研發(fā)費用分配不合理導(dǎo)致申報結(jié)果受影響。

5、企業(yè)近三年的財務(wù)情況增長率不高甚至沒有增長。

建議：企業(yè)應(yīng)提早做好財務(wù)規(guī)劃，注重銷售收入和凈資產(chǎn)增長趨勢，必要時及時對賬務(wù)做出調(diào)整，盡量拿下財務(wù)成長性滿分。
6、在日常財務(wù)工作中不知道應(yīng)該留存哪些資料以備申請重新認(rèn)定。

建議：財務(wù)人員在日常工作中可留存與研發(fā)成果相關(guān)聯(lián)的、較有突出代表性的大金額銷售合同及發(fā)票，用于佐證研發(fā)成果給企業(yè)帶來不錯的收益；保存好每年的財務(wù)審計報告，在申報當(dāng)年及時安排出具高新技術(shù)收入報告和研發(fā)費用專項審計報告等。
7、企業(yè)沒有做加計扣除。

建議：高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法中沒有明確要求企業(yè)必須做加計扣除，對申報高新技術(shù)企業(yè)沒有影響；但企業(yè)若想申報入庫、出庫資助以及研發(fā)資助則需要做加計扣除。