包含范圍不同
雙軟認證包括軟件產(chǎn)品評估和軟件企業(yè)認證，軟件企業(yè)認證是雙軟認證中的最后一步。

要求不同
雙軟認證：只要貴公司擁有一個能正常運行的軟件產(chǎn)品，就可以申請“雙軟認證”。
軟件企業(yè)認證：企業(yè)做雙軟認證是申請軟件企業(yè)認定的必要條件，即企業(yè)具備雙軟資質(zhì)之后才能被認定為軟件企業(yè)。

優(yōu)惠政策不同
雙軟認證讓企業(yè)享受國家提供給軟件行業(yè)的稅收優(yōu)惠政策。軟件產(chǎn)品經(jīng)登記生效后，自2000年6月24日起至2010年底前，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發(fā)生產(chǎn)的軟件產(chǎn)品，按17%的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3%的部分實行即征即退政策。
在我國境內(nèi)設(shè)立的軟件企業(yè)可享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。新創(chuàng)辦軟件企業(yè)經(jīng)認定后，自獲利年度起，享受企業(yè)所得稅"兩免三減半"的優(yōu)惠政策，即自獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。

國家政策依據(jù)不同
1、國家高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展,根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》,國家知識產(chǎn)權(quán)戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃、中國加入國際組織(WTO)等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生,主要是規(guī)劃、引導企業(yè)的生產(chǎn)、科研、日常制度等規(guī)范化,符合國家相關(guān)戰(zhàn)略思路.
2、軟件企業(yè)認定管理辦法是關(guān)于貫徹國務(wù)院鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展若干政策實施意見,進一步推動本市軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)的發(fā)展,結(jié)合本市實際情況,制定的相關(guān)政策.
軟件產(chǎn)業(yè)是知識經(jīng)濟時代的主導產(chǎn)業(yè),對推動經(jīng)濟發(fā)展具有極其重要的戰(zhàn)略意義.運用市場機制,優(yōu)化資源配置,鼓勵自主創(chuàng)新,通過在政策、資金上予以特別支持,推動軟件產(chǎn)業(yè)的跨越式發(fā)展,保持軟件產(chǎn)業(yè)在全國的領(lǐng)先地位,并盡快達到或接近國際先進水平.

政府審批部門不同
1、高新技術(shù)企業(yè)認定由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務(wù)部門聯(lián)合評審.?
2、軟件企業(yè)由軟件協(xié)會負責評審.?

有效期限和年審規(guī)定不同
1、高新技術(shù)企業(yè)有限期為三年,三年復(fù)審,第六年重新認定.擬認定的高新技術(shù)企業(yè)每年按照相關(guān)規(guī)定報統(tǒng)計和科委備案,同時在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案.
2、軟件企業(yè)實行每年年檢,根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標和資料,提供相關(guān)資料,每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢,如果通過了,可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免,如果沒有通過,不能最享受企業(yè)所得稅減免.

所享受的企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同
1、高新技術(shù)企業(yè)認定后,在地方稅務(wù)局備案后,企業(yè)所得稅由原先的25%減少為15%.企業(yè)需要每年在稅務(wù)局做高新技術(shù)企業(yè)備案,通過后,才能享受到優(yōu)惠政策.

2、軟件企業(yè)認定,在稅務(wù)局備案后,自獲利年度起,第一年和第二年免征企業(yè)所得稅,第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅.享受完五年優(yōu)惠后,不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策(包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策),企業(yè)所得稅按照25%征收.