高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理組織架構(gòu)如下圖：
     （1）高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理最高領(lǐng)導(dǎo)小組是全國高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作領(lǐng)導(dǎo)小組（以下稱“領(lǐng)導(dǎo)小組”），由科技部、財(cái)政部、稅務(wù)總局組成。領(lǐng)導(dǎo)小組下設(shè)辦公室，由科技部、財(cái)政部、稅務(wù)總局人員組成，以處理日常事務(wù)。
     （2）在各地方設(shè)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理機(jī)構(gòu)（以下稱“認(rèn)定機(jī)構(gòu)”）?！罢J(rèn)定機(jī)構(gòu)”由各省、自治區(qū)、直轄市、計(jì)劃單列市科技行政管理部門同本級財(cái)政、稅務(wù)部門組成?！罢J(rèn)定機(jī)構(gòu)”下設(shè)辦公室，以處理日常事務(wù)。

深圳市屬于計(jì)劃單列市，由深圳市本級科技部門、財(cái)政、稅務(wù)部門組成深圳市高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作領(lǐng)導(dǎo)小組。