納稅人在扣除研發(fā)費(fèi)用時，應(yīng)當(dāng)特別注意以下幾個方面：

一是應(yīng)當(dāng)首先劃分清楚研發(fā)項(xiàng)目是否屬于《國家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》和《當(dāng)前優(yōu)先發(fā)展的高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化重點(diǎn)領(lǐng)域指南(2007年度)》規(guī)定的項(xiàng)目。對不屬于上述文件規(guī)定的項(xiàng)目，發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用不能實(shí)行加計(jì)扣除。

二是應(yīng)當(dāng)劃分清楚所發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用是否屬于國稅發(fā)〔2008〕116號文件規(guī)定的費(fèi)用。對不屬于該文件列明的項(xiàng)目費(fèi)用，如門衛(wèi)的工資、公司經(jīng)理的汽車加油費(fèi)等，不能作為加計(jì)扣除的費(fèi)用。

三是對于屬于共同開發(fā)或者由集團(tuán)公司集中開發(fā)的研究開發(fā)項(xiàng)目，應(yīng)當(dāng)按照合理的方法劃分清楚是否屬于本企業(yè)應(yīng)當(dāng)負(fù)擔(dān)的研究開發(fā)費(fèi)用。

四是應(yīng)當(dāng)按照國稅發(fā)〔2008〕116號文件的規(guī)定，向稅務(wù)機(jī)關(guān)報(bào)送有關(guān)資料，及時匯集有關(guān)資料和憑證。

五是按照規(guī)定的比例加計(jì)扣除研究開發(fā)費(fèi)用，對研發(fā)費(fèi)用形成無形資產(chǎn)的，要按照規(guī)定的年限進(jìn)行攤銷。

另外，還有一些費(fèi)用，不但不能實(shí)行加計(jì)扣除，而且也不能在稅前列支。像稅法不允許扣除的費(fèi)用，如禮品、禮金、贊助費(fèi)等。以及不屬于企業(yè)自身發(fā)生的費(fèi)用，如共同合作開發(fā)的項(xiàng)目，應(yīng)當(dāng)由合作的其他各方承擔(dān)的研發(fā)費(fèi)用。還有就是發(fā)生費(fèi)用時沒有取得有關(guān)票據(jù)，或者沒有取得合法票據(jù)的費(fèi)用，對于這些費(fèi)用，納稅人應(yīng)當(dāng)及時做好納稅調(diào)整工作，做到依法納稅，避免涉稅風(fēng)險(xiǎn)。